Bahagian ini diletakkan di bawah pengurusan Hj. Ahmad Zaki b. Che Esa iaitu Timbalan Pengetua Hal Ehwal Pelajar (HEP).Hal Ehwal KokurikulumUnit Hal Ehwal Kokurikulum MRSM Pasir Tumboh diletakkan di bawah pengurusan Hjh Norrizan Bt. Arifin iaitu Timbalan Pengetua Kokurikulum. Mula di wujudkan pada tahun 2009 dan berfungsi dalam mengawal selia perjalanan aktiviti kokurikulum pelajar. Unit ini terlibat secara langsung dalam Kejohanan Majlis Sukan Sekolah-Sekolah Daerah (MSSD) serta semua pertandingan diperingkat MRSM Zon Timur dan MRSM SeMalaysia.

Hal Ehwal Kokurikulum

Dalam bahagian Kokurikulum terdapat kelab, persatuan, pakaian seragam, sukan dan permainan. Tiap-tiap bahagian ini mempunyai seorang guru penyelaras yang diketuai oleh seorang guru penyelaras Kokurikulum.Pelajar-pelajar wajib memilih salah satu aktiviti kokurikulum daripada setiap bahagian. Setiap jenis kelab, persatuan, pakaian seragam atau sukan dikendali oleh sekurang-kurangnya seorang guru penasihat.

Pelajar-pelajar juga terlibat dengan aktiviti kokurikulum di peringkat maktab, antara MRSM (zon) dan juga kebangsaan. Disamping itu MRSM Pasir Tumboh juga mengambil bahagian dalam pertandingan sukan anjuran Kementerian Pendidikan Malaysia.